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1、使用MyISAM而不是InnoDB
MySQL有很多數據庫引擎，但是你最可能碰到的就是MyISAM和InnoDB。
MySQL默認使用的是MyISAM。但是，很多情況下這都是一個很糟糕的選擇，除非你在創建一個非常簡單抑或實驗性的數據庫。外鍵約束或者事務處理對于數據完整性是非常重要的，但MyISAM都不支持這些。另外，當有一條記錄在插入或者更新時，整個數據表都被鎖定了，當使用量增加的時候這會產生非常差的運行效率。
結論很簡單：使用InnoDB。
2、使用php的mysql函數
php自產生之日就提供了MySQL庫函數（or near as makes no difference）。很多應用仍然在使用類似mysql_connect、mysql_query、mysql_fetch_assoc等的函數，盡管php手冊上說：
如果你在使用MySQL v4.1.3或者更新版本，強烈推薦使用您使用mysqli擴展。
mysqli（MySQL的加強版擴展）有以下幾個優點：
可選的面向對象接口
prepared表達式，這有利于阻止SQL注入攻擊，還能提高性能
支持更多的表達式和事務處理
另外，如果你想支持多種數據庫系統，你還可以考慮PDO。
3、沒有處理用戶輸入
這或者可以這樣說#1：永遠不要相信用戶的輸入。用服務器端的php驗證每個字符串，不要寄希望與JavaScript。最簡單的SQL注入攻擊會利用如下的代碼：
復制代碼 代碼如下:
$username = $_POST["name"];
$password = $_POST["password"];
$sql = "SELECT userid FROM usertable WHERE username='$username' AND password='$password';";
// run query...
只要在username字段輸入“admin';--”，這樣就會被黑到，相應的SQL語句如下：
復制代碼 代碼如下:
SELECT userid FROM usertable WHERE username='admin';
狡猾的黑客可以以admin登錄，他們不需要知道密碼，因為密碼段被注釋掉了。
4、沒有使用UTF-8
美國、英國和澳大利亞的我們很少考慮除英語之外的其他語言。我們很得意地完成了自己的“杰作”卻發現它們并不能在其他地方正常運行。
UTF-8解決了很多國際化問題。雖然在php v6.0之前它還不能很好地被支持，但這并不影響你把MySQL字符集設為UTF-8。
5、相對于SQL，偏愛php
如果你接觸MySQL不久，那么你會偏向于使用你已經掌握的語言來解決問題，這樣會導致寫出一些冗余、低效率的代碼。比如，你不會使用MySQL自帶的AVG()函數，卻會先對記錄集中的值求和然后用php循環來計算平均值。
此外，請注意php循環中的SQL查詢。通常來說，執行一個查詢比在結果中迭代更有效率。
所以，在分析數據的時候請利用數據庫系統的優勢，懂一些SQL的知識將大有裨益。
6、沒有優化數據庫查詢
99%的php性能問題都是由數據庫引起的，僅僅一個糟糕的SQL查詢就能讓你的web應用徹底癱瘓。MySQL的EXPLAIN statement、Query Profiler，還有很多其他的工具將會幫助你找出這些萬惡的SELECT。
7、不能正確使用數據類型
MySQL提供了諸如numeric、string和date等的數據類型。如果你想存儲一個時間，那么使用DATE或者DATETIME類型。如果這個時候用INTEGER或者STRING類型的話，那么將會使得SQL查詢非常復雜，前提是你能使用INTEGER或者STRING來定義那個類型。
很多人傾向于擅自自定義一些數據的格式，比如，使用string來存儲序列化的php對象。這樣的話數據庫管理起來可能會變得簡單些，但會使得MySQL成為一個糟糕的數據存儲而且之后很可能會引起故障。
8、在查詢中使用*
永遠不要使用*來返回一個數據表所有列的數據。這是懶惰：你應該提取你需要的數據。就算你需要所有字段，你的數據表也不可避免的會產生變化。
9、不使用索引或者過度使用索引
一般性原則是這樣的：select語句中的任何一個where子句表示的字段都應該使用索引。
舉個例子，假設我們有一個user表，包括numeric ID（主鍵）和email address。登錄的時候，MySQL必須以一個email為依據查找正確的ID。如果使用了索引的話（這里指email），那么MySQL就能夠使用更快的搜索算法來定位email，甚至可以說是即時實現。否則，MySQL就只能順序地檢查每一條記錄直到找到正確的email address。
有的人會在每個字段上都添加索引，遺憾的是，執行了INSERT或者UPDATE之后這些索引都需要重新生成，這樣就會影響性能。所以，只在需要的時候添加索引。
10、忘記備份！
雖然比較罕見，但是數據庫還是有崩潰的危險。硬盤有可能損壞，服務器有可能崩潰，web主機提供商有可能會破產！丟失MySQL數據將會是災難性的，所以請確保你已經使用了自動備份或者已經復制到位。
11、Bonus mistake-不考慮使用其他數據庫
對于php開發人員來說，MySQL可能是使用最廣泛的數據庫系統，但并不是唯一的選擇。PostgreSQL和Firebird是最強有力的競爭者：這個兩者都是開源的，而且都沒有被公司收購。微軟提供了SQL server Express，甲骨文提供了10g Express，這兩者都是企業級數據庫的免費版本。有時候，對于一個較小的web應用或者嵌入式應用，SQLite也不失為一個可行的替代方案。
水平有限，歡迎拍磚！！
原文鏈接：Top 10 MySQL Mistakes Made by php Developers
Ps：原文標題是寫的10個，實際上作者列舉了11個，所以我做了一個小小的改動
php技術：PHP程序員最常犯的11個MySQL錯誤小結，轉載需保留來源！
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