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如何分析海量數據

  前一陣子分析了一個將近1TB的數據群(gz文件,壓縮率10%)。因為第一次分析如此巨大的數據,沒有經驗,所以浪費了許多時間。下面是我整理的一些經驗,方便后者。

  下載數據

Q:怎么自動下載多個文件?

這是我遇到的第一個問題。當數據量很大時,一般都會分成很多個文件存放。這時下載文件比較麻煩。

A:用Wget命令。Windows下花費一點時間去下載安裝。但之于手動下載,能省不少時間。

我提供兩種方式方式下載文件,

a)用Wget的遞歸下載選項 “-r”。一般命令如下

wget –r http://<下載數據的根目錄>/  -o <下載記錄文件名>  -np

因為遞歸下載沒法控制進度,所以建議不一要次遞歸下載太多的文件

b)用Bat+Wget,多次執行Wget。一般命令如下

wget –r http://<下載數據的根目錄分支1>/  -o <下載記錄文件名>  -np

wget –r http://<下載數據的根目錄分支2>/  -o <下載記錄文件名>  -np

wget –r http://<下載數據的根目錄分支3>/  -o <下載記錄文件名>  -np

…… ……

wget –r http://<下載數據的根目錄分支N>/  -o <下載記錄文件名>  -np

用Bat可以降低出錯帶來的影響。

另外,Wget可以通過 –A 選項來指定希望下載的文件的后輟,通過 –P 選項來指定下載文件存放路徑。更多命令,參見wget -h

Q:這速度。。。什么時候才能下完?

網速永遠是個瓶頸

A:如果下載服務很遠的話,你應該考慮代理。wget設置代理的方式如下

set http_proxy=http://<代理服務器>

不要忘了多開幾個進程,20個試試?

  打開文件

Q:怎么打開文本文件

這不是弱智問題。你用記事本打開一個1000MB的文件試試

A:LTF viewer

Large Text File viewer, 打開速度會讓你驚奇

Q:怎么打開二進制文件

A:Hex Editor Neo

你可以通過下面方式來選擇進制:

右擊數據區 => Display As => Hex|Decimal|Octal|Binary|Float|Double

你可以通過下面方式來選擇按多少字節顯示:

右擊數據區 => Group By => Bytes|Words|Double|Quad

  編程語言

當數據量很大時,選擇語言要慎重了。因為不同語言有不同的特點,你要在編程時間和運行時間之間權衡。

模型測試

開始時,一般挑幾個小的數據進行測試,獲取第一份分析結果。這時當然希望能快速編程實現。腳本語言是一個很好的選擇,比如Python。

大量處理

開始遍歷處理所有數據時,用腳本語言來處理就不太合適了。因為腳本語言的運行時間不能讓人接受。另外,還有內存使用,文件讀寫這些你都沒法控制。不幸的是,很少語言會為你處理海量文件做優化。

這時,C/C++是最好的選擇。

結果展示

漫長的等待終于過去了,眼看就要出結果了。如果你還執著于陪伴你度過漫長等待的C/C++的話,你遲早會沮喪的。

我嘗試了很多方式之后,得出的結論是,讓Matlab來接手C/C++。Matlab能輕而易舉地展示大量數據。更重要的是Matlab支持讀取二進制文件。

filename = 'out.bin';        % binary file
fid = fopen( filename );
data = fread( fid, itemsNumber, '*uint32');
fclose(fid);

  算法

一次性讀文件

我已經測試過好幾次了,一次性讀取文件比一行一行讀文件至少快五倍

記住O(N)

這時你要好好考慮算法的復雜度了。任何O(N2)的算法都不可取。

必要的時候可以通過空間來換時間。通常哈希表能節省不少時間。

并行處理

溫習一下并行算法。這比等待單線程程序好很多。

可以考慮在GPU上跑程序。當然,內存和文件讀取時間更可能是瓶頸。

內存、CPU、磁盤讀取速度,誰是瓶頸,任務管理器知道。

優化核心代碼

通常80%的時間在運行20%的代碼。所以有空的話優化下經常經常執行的代碼。

分布式保存

把分析結果存在一個文件中是一個很糟糕的決定。這會為后面處理帶來很多麻煩。比如并行處理,文件過大等。

二進制方式保存中間數據

二進制方式存放通常能省一半的磁盤空間。這同時意味著減少一半的寫硬盤時間和讀硬盤時間。當然,還有文本轉換時間。

還有個重要細節要注意:在Windows中,讀寫文件的方式要改成”rb”和”wb”。要不然莫名的Bug遲早要發生,但不一定能找到。

  運行

Debug Vs Release

別忘了,最終運行時把編譯方式換成Release。但是剛改完程序的話,建議先用Debug模式試跑一下。這樣能定位運行時異常。

批處理

批處理是降低運行出錯風險的很好的方式。因為你不確定程序能正常結束。所以一段一段執行程序是一個很好的選擇。如果某個地方出問題的話就不用重新運行前面的程序了。

斷言

當數據量很大時,很難保證輸入是合法的。另一種情況是,數據是合法的,但我們欠考慮了。這時斷言就顯得很重要了。斷言回增加運行時間,但總比花大量時間得到一個錯誤結果好。

記錄運行結果到文件

前面提到,數據量很大時,很難保證程序正常結束。一般,很少人會在顯示器旁坐等輸出結果。把運行情況定時記錄到文件是非常必要的。

另外,不要忘了fclose();

  附:64位編程問題

數據量很大時,內存通常是不夠用的。有一個常識必須知道:32位程序的最大尋址空間是2GB。如果你要分配接近或者超過2G內存的話,試試64位程序吧。當然有兩條件:64位的CPU,64位的操作系統。

下面是編寫64位程序的一些經驗

編譯環境

如果是解釋型語言,比如Python,則需要下載一個64位的Python解釋器

如果是編譯型語言,比如C/C++,則需要選擇恰當的編譯平臺。

比如VS2008中,項目屬性 => Configuration Manager => Platform => New => X64

image內存

分配大數組,應該用malloc,而不是直接定義數組。

sizeof( int )  != sizeof( size_t )

64位程序中,數組下標應該換成size_t,常數也需要強制轉換,比如 4GB = 4*(size_t)1000000000000

文件

fwrite一次性寫入一個大于4GB的數組似乎有些問題。

分多次寫入文件試試。

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